抗战期间，商震任第六战区司令长官、中国驻美国军事代表团团长、军委会办公厅主任、缅甸军事考察团团长等职，曾随蒋介石出席开罗会议，并陪同徐永昌将军在密苏里号上接受日本投降。1947至1949年，商震任同盟国对日管理委员会中国代表兼驻日代表团团长，为审判日本战犯做了大量工作。
反对“霸权主义”
在东京审判之前，商震提出了引渡日本侵略中国的华中派遣军总司令松井石根、第59军司令官谷寿夫、731部队长石井四郎、首任侵华日军总司令西尾寿造、第二任侵华日军总司令畑俊六的要求。同时要求立即逮捕并引渡第三任侵华日军总司令冈村宁次，逮捕并引渡侵华日军第六方面军总司令冈部直三郎、驻华北日军总司令多田骏、第23军司令官酒井隆等。
但麦克阿瑟却提出了由美国单独审判的提议，对此，商震和梅汝璈坚决反对。他们联合苏联、英国、法国等国代表团写了致同盟国战争犯罪调查委员会和远东委员会的报告，其中反对美国独吞抗战胜利果实的霸权主义的提法出自商震之口，受到一致称赞。
引渡山田乙三
当时，有四个国家都提出要引渡战犯山田乙三，而中国驻日军事代表团团长商震提供的山田乙三罪行证据最为确凿。据此，商震根据盟军最高总司令麦克阿瑟关于受害最重的国家优先引渡的原则，说明中国对山田乙三享有无可争辩的引渡理由。
麦克阿瑟则主张在菲律宾的马尼拉设立四国军事法庭，由中国法官担任首席检察官，但商震对此表示拒绝。经过一番争论，最后商震等人同意抽签决定。
麦克阿瑟命人做好纸条后，请商震先抽。结果商震一下抽中了山田乙三。
这时，商震得到梅汝璈的消息说：他从检察长基南的汉语翻译郎格兰那里获悉，美国第一批引渡的乙丙级日本战犯，已经从20人增加到45人。
商震急忙与苏联、英国等驻日军事代表团团长商量对策，麦克阿瑟见事已曝光，只得答应中国、英国、法国、澳大利亚、新西兰、菲律宾各增加引渡12名，印度、加拿大各增加5名，荷兰增加两名；并说，对其余的在押战犯，经预审之后，凡是能够确定为乙丙级战犯的，一律引渡到各国受审。
揭露“擅自释放”
一次，中国配席检察官向哲浚到东京的巢鸭监狱提审日本侵略台湾的第66师团长中岛吉三郎、独立混成旅团长村田定雄时，监狱长阿尼斯却说巢鸭监狱从来没有这两个战犯。向哲浚指出这两个日本战犯分别在台北、高雄各屠杀中国人5000余人，阿尼斯才说这两个人已深夜越狱逃跑。经向哲浚再三追问，阿尼斯才承认是奉上级命令释放的。
向哲浚马上回到驻地向商震和梅汝璈做了详细汇报，商震觉得此事非同小可，便去找苏联驻日本军事代表团团长迪利比扬格沟通情况，才发现这不是个别现象。英国、法国、新西兰、加拿大、荷兰、印度等国要求引渡的日本战犯中，都发现有几名甚至十几名被“擅自释放”了。
于是，商震和10国驻日军事代表团团长共同去找检察长基南质问，基南承认他头脑发热自作主张释放了1985名在押日本战犯。商震和梅汝璈对美国提出抗议，同时指出：对这些逃亡战犯，可以由盟军最高司令部和日本政府出面引渡。
驳斥“无罪释放”
麦克阿瑟在检察长基南、厅长韦勃、11国军事代表团团长和法律代表团团长会议上竟提出“无罪释放西尾寿造和多田骏”的意见。麦克阿瑟原以为苏联代表会率先反对，没想到首先提出反对的竟是商震。商震说：“中国代表团坚决反对无罪释放西尾寿造和多田骏！他们在中国屠杀了几十万人，以一封表示悔过的信，就给他们免罪，国际法庭的建立岂不是成了多此一举！虽然他们在信里说了一些表示深深忏悔的话，但决不能轻易饶恕他们。西方古代有个童话故事，说的是凶恶的鳄鱼吞食人畜时，一边吃一边掉眼泪。即使西尾和多田为自己的罪恶痛哭过，那也是鳄鱼的眼泪，是恶狼的眼泪！”
梅汝璈对商震的意见表示坚决支持，苏联等多国团长亦赞同商震的意见。但麦克阿瑟仍然顽固坚持他的主张。商震气愤地说：“既然你一个人说了算，又何必召开今天的讨论会！如果不追究这两个犯人的杀人罪行，我将向同盟国战争犯罪调查委员会和远东委员会反映！”商震坚持原则的做法引起各国驻日官员的高度赞扬。
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