一战开始后，中国作为中立国，却恰好得罪了交战双方，德国方面就不满意了。德国驻京公使辛慈，忽然发来通牒，说德国政府准备在2月1日以后，采用海上封锁政策。所有中立国的轮船，不得在划定的区域内自由航行，否则一切后果概不负责。外交部急忙呈报总统和总理，为了这件事，又起了冲突。
当时，中国宣告中立已有三年时间，这一次德国违背国际条约，也激怒了一些别的国家。美国曾向德国提出了几次抗议，总理段祺瑞也想提出外交抗议，总统黎元洪却不想和德国翻脸，在段祺瑞的再三怂恿下，才令外交部向德国递交了抗议书。
抗议书送出去好一阵子，德国方面却置之不理，政府骑虎难下，只好再进一步，与德国绝交。先在国务院中特设外交委员会，除国务院全体及各部所派中立办事员均列席外，再邀请陆徵祥、夏诒霆、汪大燮、曹汝霖等人，一同商议。
这时，梁启超恰好到京，段祺瑞自然要请他参加。梁启超口才很好，详细说明了和德国绝交的利害关系，洋洋洒洒，非常动人，大家多半赞成。散会后，总理入告总统，黎元洪始终持重，不肯马上答应。
段祺瑞据理力争，说了好几次，黎元洪还是犹豫不决，段祺瑞十分恼怒，也不向总统告别，马上跑到天津去了。
国务总理段祺瑞主张和德国绝交，总统黎元洪不肯照办，他自然非常生气，到了天津后，派人呈上辞职书。这样一闹，总统黎元洪未免又惊慌起来，当即派人前去挽留。没想到，段祺瑞的心腹、教育总长兼署内务总长范源濂，也居然送来辞职书，显然是为了支持段祺瑞。
总统黎元洪更加忧虑，急忙叫来副总统冯国璋，商议挽回的法子。冯国璋说：“总统想挽留段总理，除非与德国绝交，否则我也想不出什么办法。”
黎元洪沉吟良久，还是拿不定主意。这时，派去挽留段祺瑞的人回来说，段总理已经决定回老家，不愿再来任事。冯国璋听了，不禁在一旁微笑。黎元洪说：“他不肯再来，怎么办？”冯国璋说：“总统若依了他的计策，我管叫他即日来京。”黎元洪还有些不相信，冯国璋说：“德国已经犯了众怒，成了大家的公敌，就连和他联盟的意大利，亦加入到协约国中，对德国宣战，可见中国与德国绝交，将来决不致有害。若从利益上说，现在协约各国已经允许我们修改各种条约，这难道不是我们的一大胜利吗？”黎元洪说：“改约的事情，果真靠得住吗？”冯国璋回答道：“等段总理回京后，再去询问协约国政府，如果他们承认，我们就提出照会，与德国绝交。”黎元洪同意了。
冯国璋当即退出，乘专车赶赴天津。到了晚上，两人果然携手而回，到总统府拜见，黎元洪乐颠颠地出来迎接，免不了与段总理周旋一番，段祺瑞也谦逊了几句，马上发电报国各国，得到他们肯定的答复后，才松了一口气。
不过，对这件事，当时还有许多异议，国会议员如曹振懋、唐宝锷、丁世峄等人保持观望态度，马君武等人甚至通电各省，反对和德国绝交;外面如张勋、倪嗣冲、王占元诸位督军，都请求政府维持中立。还有孙中山、唐绍仪、康有为、姚文栋、温宗尧等人，也陆续给政府和国会发电报，反对和德国绝交。其余如顺、直省议会，沈阳、上海、天津、山东、广东等省的商会和各种团体，均要求保持中立。
段祺瑞不为所动，一意孤行，于3月9日在迎宾馆举行宴会，请议员们交换意见。那些议员都是老油条，自然见风使舵，表示同意。
第二天中午，参众两院各自召开秘密会议，段总理及财政总长陈锦涛，教育总长兼内务总长范源濂，司法总长谷钟秀，外交部参事伍朝枢等人，先到众议院报告外交的经过，并讲述了对德绝交的宗旨，请议员支持。众议员经讨论后，投票表决，大多数赞成和德国绝交。段总理又到参议院登堂报告，于次日进行表，也算大多数通过。
和德国绝交后，两国分别召回了自己的公使。中国派往德国的公使颜惠庆即日归国;德国派驻中国的公使辛慈带着各地的领事，相继出境，于是天津、汉口等地的德租界，即令地方官收回。还有津浦北段铁路管理权及在上海、厦门、广州等处的德国商船，均先后归中国收管;就连供职于路矿的德国工程师，亦一体解职。只有普通的德国侨民，暂且允许留下来，德国的银行暂时照常营业。
在上海法租界中，有一所德国人开办的同济医工大学，教育部准备收回。谁知法国人先下手为强，由法租界工部局勒令解散，把德国人驱遣出境。外交部马上向法国提出抗议，由教育部派人到上海，与该校董事协商善后，将该校迁入吴淞中国公学旧址，由教育部另外任命校长，仍留下德国人为教员，照常开学，将所欠德国的各种款项，暂存在中国银行。
这样一来，英法各国又出来反对，都想分一杯羹，而且驻京的荷兰公使，发来照会，自称受德国公使委托，代管所有在华的利益。段祺瑞非常恼怒，索性提出对德宣战，一来可以满足协约国的希望，二来可避免受到荷兰公使的牵制。
不过，总统黎元洪认为，中国和德国绝交，已经十分严厉了，如果再宣战，更觉得不妥，因此决定暂时观望，没有答应段祺瑞的请求。结果，总统府和国务院免不了又冲突起来，矛盾越来越激化。
双方正在闹意见，四川传来了警报，说四川和云南两军爆发了内战。原来，罗佩金镇守四川，威望不及蔡锷，而且部下有许多云南军，驻扎在四川境内，经常和川军发生摩擦。政府见四川平定，要求罗佩金裁军。师长刘存厚、周道刚、钟体道、陈泽霈、熊克武等人，暗中不服，准备驱逐罗佩金，居然率军进入成都，来与罗佩金评理。罗佩金不肯退让，下令阻止刘军入城。刘军哪肯从命，一哄而进，竟向督军署扑来。督军署内开炮轰击刘军，刘军马上开枪还击，省城顿时变成了战场。可怜成都的居民，茫无头绪，骤闻各种枪炮声，吓得魂飞天外。后来商民选出代表，呼吁休战，这才停了一两天。
罗佩金、刘存厚分别致电中央政府，争辩曲直。总统黎元洪想笼络两人，特任罗佩金为超威将军，刘存厚为崇威将军，叫他们即日来京，另命省长戴戡暂行兼代四川督军，刘云峰为暂编陆军第二师长，更派王人文为四川查办使，张习为查办副使，赴川查办此事。
王人文、张习两人奉命出发，还没有进入四川，罗佩金已经遵令交接，将印信交给戴戡，戴戡即日就职，和刘存厚商量，请他退兵出城。刘存厚仍然不理不睬，还要拥兵自重，盘踞在城里，戴戡不得已，再次把实际情况报告给政府。
黎元洪接到电报，才知刘存厚拥兵自重，不服从命令，只好态度强硬起来，将他免职。此令一下，才听说刘存厚有退兵的意思。王、张两位查办使，得以安然抵达四川，进行调查，报告四川的战乱情形，由总统拨款赈济了事。
此时，在政府内部又起了纠葛。财政总长陈锦涛向总统揭发次长殷汝骊，说他徇私舞弊，贪赃枉法;而炼铜厂商人柴瑞周等人，又到国务院告发陈总长，后来索性将两人一起免职查办。殷汝骊早已逃之夭夭，只有陈锦涛一人到案，留置在看守所。接着又是交通总长被控告一案事发：交通部直辖津浦铁路管理局，曾向华美公司购办机车，局长王家俭、总务处长童益临纳贿舞弊。此事轰动京城，经交通部查明，将二人撤职，总长许世英有失察之过，自动辞职。
这时，司法总长张耀曾不免感到兔死狐悲，竟然弹劾检察长杨荫杭和检察官张汝霖，说他们违法办案，于是许世英和陈锦涛被释放，财政交通总长两席，暂由财政次长李思浩、交通次长权量代理。随后，又提议李经羲出任财政总长，经国会投票通过，曾经的云南都督李经羲，又重新出山了。
国务总理段祺瑞并没有把这些争端放在心上，一心一意地主持外交，一定要与德国宣战。山西、河南、山东、江西、湖北、福建、吉林、河北等省的督军，安徽省长、察哈尔都统、绥远都统等人陆续进京，此外各省亦均派代表到会。4月25日，召开督军团会议，由段祺瑞任大会主席，商量对德宣战的问题。各位督军、都统都是雄赳赳的武夫，自然赞成段祺瑞的主张。吉林督军孟恩远首先起座，表示赞成，随后大家便附和起来。
段祺瑞自然欣慰异常，散会后，马上去报告总统。黎元洪很是不高兴，但又不便当面驳斥，只好淡淡地答道：“宣战不宣战，总须由国会议决，若但凭军人主张，何必虚设国会呢？”5月1日，国务院通过对德宣战案。段祺瑞吩咐秘书拟定咨文，盖上大印，送到总统那里。黎元洪受人挟制，无可奈何，愤愤地盖上印，将咨文掷回给来人。
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