关于段祺瑞在"三一八"惨案中的表现，一直流传着两种说法。一种说惨案发生之后，段祺瑞很快就赶到了现场，面对死者长跪不起，还有一种说他终生食素以示忏悔。其实这两种说法都与事实不符。
首先，段祺瑞在直奉大战后下野，从那时起，他生活上的一个显著变化，就是开始每日吃斋念佛。在他看来，这是对过去自己作为军人，动刀子指挥杀人的一种反省，一直到死，他的这种习惯始终没有改变，但与"三一八"惨案却无直接关系。
再来回顾一下惨案当时的发生情景：执政府卫队旅参谋长楚溪春正在吉兆胡同等待游行队伍的到来。从时间上看早该来了，但还迟迟没有露面，他正想通过电话向执政府方面进行询问，就听到西方传来了枪响。
听到枪声，楚溪春的心猛地一沉，意识到那边一定出了事故，于是还没来得及摇电话，就乘着汽车直奔执政府而去。
当楚溪春驱车赶到东四牌楼十条中间时，看到很多学生拿着小旗迎面跑来，神情都非常慌乱，其中有丢了鞋帽的，有满脸沾满泥土的，还有人大声喊叫：“真厉害呀！真厉害呀！”
因为太过拥挤，汽车没法再往前开，楚溪春便下车步行。出了十条西口，就到了执政府大门前，只见有十几个学生已经倒在了血泊中。卫队旅的士兵打红了眼，还在端着枪四处搜寻。楚溪春当即吹响口哨，命令士兵赶快回到自己营房集合。
随后，楚溪春的上司李鸣钟也坐着汽车赶到了。李鸣钟惊慌失措地对楚溪春说：“晴波（楚溪春的字），打死这些学生，叫我怎么办，叫我怎么办？”楚溪春无奈回答：“已经到了这个地步，我们只好报告段执政吧！”
段祺瑞当时对卫队旅无实际指挥权限，亦不在事发现场（在吉兆胡同），枪杀学生的命令也不是他下的。在楚溪春返回吉兆胡同之前，他已得到消息，并派侄子段宏纲探视了现场。得知学生伤亡惨重，段祺瑞甚为伤感。在听李鸣钟、楚溪春分别报告情况后，他对李鸣钟说，因为你们处理防备不周，才发生了这样不幸的惨剧，望李司令同楚参谋长今后要特别当心，万不可再发生任何事故。
不过在楚溪春后来的描述中，却提到段祺瑞正在家里和吴清源下棋，而且他还声色俱厉地对李鸣钟大声说：“你能维持北京的治安不成？如果不能，我能撤换你，我能枪毙你！”又让楚溪春转告卫队士兵，说自己不但不会惩罚他们，还要赏他们，“这一群土匪学生……”云云。
实际上，吴清源早在前一年夏天就去了日本，和段祺瑞在北京下棋的可能性为零。“声色俱厉”也不可能，那个时候正是段最弱势的时候，李鸣钟直接代表冯玉祥一方，他哪有那么大的威风训斥对方？同样的，尽管段祺瑞始终反对学生游行，可是无论从他每日吃斋念佛，时时反省早年杀生行为的举止，还是由一个成熟政治家对后果的本能预判上，他都不会对楚溪春说出那些不近情理的狠话。
段宏纲彼时就在段祺瑞身旁，他对此进行了坚决否认，认为完全与事实不符，而从楚溪春的立场分析，之所以要这么说，不外乎是想推托自己在此案中的责任。
惨案发生后，执政府司法部、高等法院、陆军部组成联合机构，对该案进行会审。由于段祺瑞、贾德耀均未下达过开枪命令，被认为无直接责任，法官便召楚溪春到庭作证。
楚溪春为了让自己和部下不负罪责，出庭前专门开会让众人搜集游行学生的“罪证”。比如找来几支旧手枪，就说是学生们的凶器，找来几把条帚和几个煤油桶，则说是学生要拿来火烧执政府。
唯一真实的物证是一大捆学生们用的旗子，因为旗上写着中共北方执行委员会的字样，另外执政府南面楼上的玻璃窗上还有一个被子弹打穿的圆孔。
圆孔确实是当场被子弹打穿的，不过不一定是学生打的，而极可能是卫队士兵开枪时打偏了。当时正好卫队旅也有一个卫兵被子弹打死了，虽然楚溪春自己都弄不清这厮是怎么死的，有人猜测极可能是混乱中死于同伴的流弹，但他就索性以此作为证据，指证是学生先开枪，卫队旅乃被迫自卫。
法官听取证词后便以此结案，卫队旅官兵从上至下均未受到处分。到最后，受影响最大的还是段祺瑞及其执政府，他们受到了全国的一致声讨，知识界、教育界更是同仇敌忾，纷纷予以谴责。鲁迅连写多篇杂文进行声讨，《纪念刘和珍君》即是其中之一。在这些杂文中，鲁迅称惨案发生当天是“民国以来最黑暗的一天”，执政府“残虐险狠的行为，不但在禽兽中所未曾见，便是在人类中也极少有的”。
在从政的几十年前，段祺瑞的社会声誉不是没有经历过如同过山车一般的起伏跌宕，他曾因“三造共和”而到达顶峰，又因“亲日”和对日借款不断受损，其间也是曲曲折折，既有下落，也有回调。
“三一八惨案”厉害就厉害在，它是直接一锤子将段祺瑞砸落谷底，老段的政治声望和资源也几乎全部都被砸碎了。
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